Năm 1865, sau cùng Thống soái Nam Kỳ là Phó Đô đốc Pierre-Paul de La Grandière giành được sự cho phép miễn cưỡng từ Bộ Hải quân và các Thuộc địa ở Paris. "Trong suốt năm 1864, chính phủ Pháp đã lưỡng lự về việc liệu để duy trì sở hữu thuộc địa của họ ở miền nam Việt Nam hoặc từ bỏ" liên quan đến đầu tư tốn kém này. Trở về Sài Gòn, thống đốc bổ nhiệm các thành viên của Đoàn Thám hiểm Mekong (Commission d'exploration du Mékong) ngày 01/06/1866.

• Ernest Doudart de Lagrée: đại úy, trưởng đoàn thám hiểm, nhà côn trùng học, thành viên của Ủy ban nông nghiệp và công nghiệp Nam Kỳ,[12]
• Francis Garnier: trung úy, thanh tra về Vấn đề thổ dân (Indigenous Affairs), là trưởng đoàn sau khi Doudart de Lagrée chết,[13][14]
• Louis Delaporte: trung úy, khảo cổ học, nghệ sĩ, nhà sử học nghệ thuật,[15][16]
• Louis de Carné: cháu trai của Thống đốc Louis de Carné, 23 tuổi, tùy viên Bộ Ngoại giao,
• Eugene Joubert: địa chất học, trợ lý y tế cấp 2,[17]
• Clovis Thorel: thực vật học, phụ bác sĩ hạng 3, thành viên của Ủy ban nông nghiệp và công nghiệp Nam Kỳ,[18]
• Émile Gsell: chụp ảnh.

Các nhân viên của đoàn thám hiểm, khoảng 20 người, bao gồm:

• Trung sĩ hải quân đánh bộ Charbonnier (trưởng Vận tải),
• Một lính hải quân đánh bộ,
• Hai thủy thủ người Pháp,
• Hai thông dịch viên cho tiếng Thái và tiếng Việt,
• Alexis Om, phiên dịch cho các ngôn ngữ Campuchia,
• Hai thủy thủ nói tiếng Tagalog,
• Một trung sĩ người Trung Quốc gốc An Nam, và các dân quân của ông ta.[19]